O místě uložení Karlova těla v katedrále se dlouho nevědělo a moderní historici o poloze hrobu jen spekulovali. Vědělo se obecně, že to muselo být někde před hlavním oltářem katedrály, ale přesná pozice zůstávala tajemstvím.

Rozluštění záhady připomíná detektivku. Na stopy existence královské pohřební komory narazila historička umění Jana Maříková-Kubková při studiu architektonických fragmentů bývalého románského chrámu, nad jehož základech dnes stojí gotická katedrála sv. Víta. U hlavního oltáře v podzemí objevila neznámé prostory.

Aby odborníci nedestruktivně pronikli do podzemí, vyvrtali do chrámové podlahy malý otvor, jímž spustili dolů speciální sondu s reflektorem a kamerou. Té se otevřel nečekaný pohled do nitra dvou obrovských, téměř deset metrů dlouhých pohřebních místností, jež jsou spolu propojené. Co obsahují? Unikátní snímky, jež se chystá zveřejnit časopis National Geographic, dávají tušit, že podzemní prostory jsou téměř prázdné, nicméně podle objevitelů tu nějaké fragmenty rakví a kostí přece jenom zůstaly. Možná jde o části ostatků Karlových manželek. Ale jisté to úplně není.

Ve středověku mauzoleum

Zároveň se objevil nápis, podle něhož se zjistilo, že podzemní prostory prozkoumal už v 19. století architekt a restaurátor Josef Mocker, když před 130 lety prováděl úpravy hlavního oltáře. Patrně právě on z dvoukomorové hrobky vyzdvihl vše podstatné, co tam nalezl. Pak podzemí důkladně zakryl. Celý chór katedrály byl následně vydlážděn novou podlahou, takže na podzemní hrobku v katedrále se poté zcela zapomnělo.

Ve středověku bylo místo Karlova pohřbu v katedrále výrazně označené. Víme to z popisu rakouského historika a teologa Tomáše Ebendorfera z roku 1438. Královské mauzoleum před oltářem svatého Víta bylo prý postaveno z čtverhranných kamenů a dokola jej chránila železná mříž.

Není jisté, zda původní náhrobek pokrývala i kamenná deska zobrazující ležícího mrtvého vládce. Byl tu však určitě kamenný epitaf s textem pohřební řeči arcibiskupa Jana Očka z Vlašimi s nápisem "Hle, já, Karel IV, kdys postrach světa, císař, jenž porážku neznal, leč smrtí pouze byl zdolán, v tomto zde hrobě jsem skryt." Samotné místo pro uložení tělesných ostatků se nacházelo pod kamenným monumentem, právě v podzemní pohřební komoře, která byla nyní znovu objevena.

Tři dny vystavován

Karel zemřel v neděli 29. listopadu 1378 tři hodiny po západu slunce, čili asi kolem osmé večer. Lékaři okamžitě nabalzamovali mrtvé tělo. Pohřeb se připravoval celkem jedenáct dní. Měla to být událost, jakou Praha ještě neviděla. Tělo vládce nejprve na několik dní umístili v audienčním sále hradního paláce. Pohřební průvod začal odpoledne 11. prosince 1378. Otevřenou rakev dvořané a měšťané nesli Prahou a po tři noci byl Karel ozdobený purpurovým pláštěm a s císařskou korunou na hlavě vystaven ve třech různých pražských chrámech.

Do katedrály dorazil průvod až 15. prosince 1378. Po pohřebních řečech a obřadech trvajících celou noc byl Karel IV. umístěn do cínové rakve a uložen do podzemního hrobu před hlavní oltář. V současné době najdeme na Pražském hradě "moderní" náhrobek Karla IV. v Královské kryptě. Ten však není původní a pochází až z 20. století - ve 30. letech ho nechal udělat architekt Kamil Roškot a nový náhrobek Karla IV. tu vytvořil sochař Ladislav Kofránek.