Voliči i sami kandidáti mohli zpochybnit u správního soudu v Brně výsledek druhého kola senátních voleb. Návrh mohl soudu zaslat do pátečního večera každý volič nebo kandidující strana, pokud měl za to, že byl porušen volební zákon způsobem, který mohl ovlivnit výsledky hlasování.

Borek Havlík se podle Komoňové domáhá vyslovení neplatnosti voleb v obci Ostroměř na Jičínsku. Hnutí Nezávislí s Martinou Jurkovičovou chtějí zrušení výsledků voleb ve volebním obvodu Mělník. Nelíbí se jim výsledky kandidátů Radima Uzla a Jiřího Nedomy. Nedoma z ODS v druhém kole porazil s 56 procenty Uzla, jenž kandidoval za Sebeobranu voličů.

Třetí stížnost podala KSČM, která chce anulovat výsledky voleb v senátním obvodu Ústí nad Orlicí. Tam Ludmila Müllerová (KDU-ČSL) těsným výsledkem 50,15 procenta hlasů porazila Jiřího Čepelku z ODS.

O všech stížnostech bude rozhodovat speciální sedmičlenný volební senát Nejvyššího správního soudu. Lhůta pro stížnosti na první kolo voleb i na výsledky krajských voleb uplynula před týdnem. První zaslal neúspěšný kandidát Antonín Zápotocký (KDU-ČSL), kterému postup do volebního finále v Praze 11 poměrně těsně unikl. Zápotocký to přičítá údajným lžím a pomluvám, které o něm vyšly v místních radničních zpravodajích, a stěžoval si proto na porušení pravidel volební kampaně.

Druhou stížnost dal soudu Milan Knecht z Brna. "Jako odůvodnění uvedl, že nebyl zajištěn rovný přístup nezávislých kandidátů oproti kandidátům politických stran a hnutí," uvedla Komoňová s tím, že o žádné ze stížností soud zatím nerozhodl. Pokud by soud některou ze stížností uznal za oprávněnou, musel by prezident do 90 dnů v příslušném obvodu vyhlásit opakované volby.