Novela má úřadu umožnit, aby směl kontrolovat například kraje, obce, zdravotní pojišťovny, veřejné vysoké školy nebo příspěvkové organizace krajů a obcí. Prezident NKÚ Miloslav Kala však tvrdí, že tyto návrhy ve skutečnosti pravomoci úřadu omezují.

Kala upozorňoval především na nejasnosti a varoval před soudními spory, které hrozí. Poslance vyzval, aby vrátili materiál předkladatelům a aby vyzvali vládu, ať připraví vlastní příslušnou novelu ústavy. Zástupce předkladatelů Stanislav Polčák obavy prezidenta NKÚ nesdílí.

Novela ústavy nově například stanoví, že úřad kontroluje hospodaření samospráv s majetkem a jejich rozpočty z hlediska souladu se zákonem. Kontrolovat by také měl hospodaření s majetkem veřejných institucí. Předloha má také umožnit kontrolu hospodaření s majetkem právnických osob, v nichž má stát nebo kraj či obec majetkovou účast.

S rozšířením kontrolních pravomocí nesouhlasí Svaz měst a obcí ČR. Tvrdí, že to bude znamenat zvýšení administrativní zátěže pro pracovníky měst a obcí, kteří musí při kontrolách poskytovat součinnost.