„Vyčíslená chyba ve výši 90 miliónů Kč v účetnictví za rok 2012 byla způsobena pouze nesprávným zařazením účetních položek. Převážná část zjištěných pochybení ve výši 66 miliónů Kč byla opravena počátkem roku 2013. Ke zbývajícím pochybením byla přijata taková preventivní opatření, která minimalizují riziko jejich opakování,” zareagoval na výsledky šetření mluvčí ministerstva Marek Zeman.

Kontroloři zároveň poukázali i na to, že některé položky nekontrolovali „z důvodu přetrvávajících nejasností a nejednoznačností předpisů”.

Právě nejednoznačnost předpisů a „nedostatečná úprava oblasti předfinancování výdajů státního rozpočtu, které mají být později uhrazeny z prostředků rozpočtu EU,” je podle NKÚ důvodem, proč nebylo možné vyjádřit se k celkové částce ve výši 49 miliard korun, kterou ministerstvo vykazovalo.

Ministerstvo školství by proto chtělo po ministerstvu financí dopracovat účetní předpisy, „aby všechny organizace veřejné správy mohly účtovat ve vzájemné shodě”.