Podle BIS do státní správy, samosprávy, ale i justice zasáhl také organizovaný zločin. Klientelistické sítě vytvářely paralelní mocenské struktury, vlivové skupiny v řadě měst zasahovaly do rozhodování zastupitelstev. Metody těchto skupin však údajně nelze trestně postihnout, protože buď nejsou nelegální, nebo se jen velice obtížně prokazují.

Česká pošta se proti tvrzení, že u ní byly zakázky ovlivňovány, brání. ČD Cargo stejně jako aerolinie považují materiál za všeobecné hodnocení situace.

Na organizovaném zločinu se podle tajné služby podíleli i někteří soudci. BIS v té souvislosti zmínila například Krajský soud v Brně nebo některé soudy v působnosti ústeckého krajského soudu. Soudci prý upřednostňovali vybrané věřitele a manipulovali s insolvenčními řízeními kvůli svým rodinným a přátelským vztahům. Brněnský soud se proti těmto tvrzením ohradil, sám prý o obdobných praktikách neví.

Kontrarozvědka také poukázala na to, že agenti ruských zpravodajských služeb se i loni v České republice zaměřili zejména na ekonomiku a energetiku. Zajímali se hlavně o informace týkající se dostavby jaderné elektrárny Temelín, o zakázku se totiž uchází i česko-ruské konsorcium. Rusko podle BIS zneužívá velikosti své diplomatické mise a nutí ČR přijímat agenty jako diplomaty. Ze zahraničních služeb jsou ty ruské prý nejaktivnější.