Ministerstvo zdravotnictví počítá se zachováním dosavadních regionálních pracovišť ústavů. Centralizací chce dosáhnout jejich ziskovosti, neboť stát je po první fázi reorganizace dotoval asi pěti milióny korun ročně. Dva ústavy prý mají větší šanci uspět ve výběrových řízeních na velké zakázky a vydělat si třeba na lepší laboratorní vybavení.

Nahradit Prahu Ústím nad Labem navrhla v Senátu Alena Dernerová (Severočeši.cz). Podle ní by ústavy měly být v regionech nejvíce postižených znečištěním.

Naopak ministr zdravotnictví Leoš Heger (TOP 09) podpořil původní znění novely. Zdůvodnil to například dopravní dostupností a lepším vybavením pražského ústavu. Pro senátní úpravu ale nakonec zvedla ruku většina poslanců včetně Hegerových spolustraníků.

Zdravotní ústavy zakotvila novela od ledna 2003. Hygienická služba se tehdy rozdělila na správní úřady, tedy krajské hygienické stanice, a na laboratorní a ostatní kapacity soustředěné do zdravotních ústavů. Zdravotní ústavy dostaly za úkol při státním dozoru například odebírat a vyšetřovat vzorky pitné vody a vody koupališť a testovat výrobky.