Ekologové tvrdí, že by se stavba dotkla ohrožených druhů rostlin a živočichů, které se vyskytují v doprovodných ekosystémech řeky, a nenávratně by poškodila unikátní říční nivu.

Poslanec ČSSD Jaromír Schling, který výjimku do zákona prosazoval, doufá, že i přes rozhodnutí Sněmovny budou nakonec jezy na Labi stát, a umožní tak další rozvoj vnitrozemské plavby. "V územním řízení, které bude nepochybně na žádost Ředitelství vodních cest zahájeno, bude třeba získat výjimku od ministerstva životního prostředí," naznačil další postup Schling.

Vláda již na svém zasedání 4. února uložila ministrům dopravy, pro místní rozvoj, zemědělství, životního prostředí a financí ustavit komisi, která by do dvou měsíců vyhodnotila, zda veřejný zájem na zlepšení dopravních podmínek převyšuje zájem ochrany přírody. "To znamená, že když bude přijata senátní verze, tak problematika je řešena dál," poznamenal před hlasováním Ambrozek.

Dva jezy na dolním toku Labe, o jejichž stavbu se řadu let vedou spory, podle ministerstva dopravy určují výkon celé vodní dopravy v Česku. Desetiletá příprava výstavby jezů podle návrhu ministerstva v současnosti již ohrožuje samotnou existenci vodní dopravy v ČR. Ministerstvo životního prostředí nedávno výstavbu jezů nepovolilo, proti jsou i ekologové.