Ministerstvo se brání tím, že zjištěné nedostatky vznikly ještě před nástupem současného ministra Kamila Jankovského do funkce. "Obecně je však nutné dodat, že závěry NKÚ postihují jednotlivosti, které se v kontextu celkové bilance a majetku MMR ČR pohybují spíše v řádu promile. V žádném případě také nemají vliv na výsledné hospodaření této účetní jednotky," řekl Jan Dvořák z tiskového oddělení ministerstva.

Kontrolní úřad kromě dalšího také zjistil, že MMR nedodržovalo zákon o majetku České republiky a jejím vystupování v právních vztazích. Konkrétně šlo o pohledávky za prodaný dlouhodobý hmotný majetek nebo provedení nedostatečné předběžné kontroly plánovaných operací. To je podle NKÚ v rozporu se zákonem o finanční kontrole.

Kontrola se uskutečnila v období od října 2010 do dubna 2011. NKÚ prošetřoval hlavně období let 2008 až 2009.