„Že jsem odmítl součinnost při kontrole je pravda,“ prohlásil před soudem prezident úřadu. Podle něj by však NKÚ neměli kontrolovat poslanci, ale zahraniční účetní dvory. Zákon o NKÚ podle něj nenastavuje procesní pravidla prověrky, neřeší tedy například otázku podjatosti členů kontrolního výboru, jejich pravomoci nakládat s dokumenty úřadu nebo případné odvolání proti jejich závěrům.

„Bez procesních pravidel je tato kontrola pouze politický akt bez jakékoli relevance,“ uvedl. Dodal, že ke stejnému závěru dospěl i Ústav státu a práva.

Prezident NKÚ dostal podle obžaloby na konci roku 2010 oznámení o tom, že kontrolní výbor Sněmovny zahájil prověrku úřadu. Poslanci ho zároveň požádali o součinnost při auditu a o předložení dokumentů, které jsou podle nich pro jejich práci nutné. Dohnal jejich požadavek odmítl, přestože již za stejné jednání dostal dříve padesátitisícovou pokutu. Protože je jako šéf NKÚ zodpovědný za jeho hospodaření, chtěl podle žalobkyně zabránit kontrole a vyhnout se postihu za případné chyby.
Spor mezi Dohnalem a poslanci začal v roce 2009. V březnu přijalo kolegium NKÚ usnesení, podle kterého úřad v předchozím roce nehospodárně vynakládal peníze. Sněmovní kontrolní výbor se následně rozhodl výhrady členů kolegia prověřit, podle jeho zprávy porušil prezident úřadu zákon o veřejných zakázkách a o platech ústavních činitelů. V říjnu sestavil skupinu ke kontrole hospodaření NKÚ za posledních pět let. Dohnal odmítl skupině poskytnout podklady, nedal jim je ani po dalších výzvách doteď. Hrozí mu za to až desetileté vězení.

Podle šéfa NKÚ byli poslanci, kteří požadovali prověrku, podjatí. Dříve, než audit začal, se prý v médiích vyjadřovali k tomu, jak dopadne a jak bude Dohnal potrestán. Prezident úřadu se s nimi totiž podle svých slov dostal do ostrého sporu kvůli obsazování členů kolegia, které chtěli ovlivňovat. Dohnal zároveň uvedl, že Sněmovně již dříve dodal veškeré dokumenty, které podle zákona předložit musel.

Dohnalův advokát Václav Vlk již dříve uvedl, že jeho klient nechce materiály poslancům dát, protože „je to Nejvyšší kontrolní úřad, a ne Druhý nejvyšší kontrolní úřad“. NKÚ již podal správní žalobu kvůli tomu, aby soud určil, jaké jsou kompetence Sněmovny. To podle Dohnala mohlo také stát za trestním oznámením, které na něj podal předseda KSČM Vojtěch Filip.

Narušena autorita Sněmovny

Filip také u soudu jako svědek vypovídal. Uvedl, že není možné, aby kontrolní orgán nebyl nikdy nikým kontrolován. Prověrku podle něj poslanci nařídili proto, že nalezli nesrovnalosti v částkách vynakládaných například na stěhování pracovišť úřadu či na nákup počítačů. Dohnalovo odmítnutí vydat jim dokumenty snížilo podle Filipa autoritu Sněmovny a mělo i ekonomické důsledky.

Obvodní soud pro Prahu 7 již o jedné obžalobě na Dohnala rozhodoval. V březnu šéfa NKÚ nepravomocně osvobodil v případu, v němž ho žalobci viní z využívání údajně nepřiměřeně luxusních bytů. Pražský městský soud však následně rozsudek zrušil a případ vrátil k novému projednání.