Palach po třech dnech na následky popálenin zemřel a 25. ledna byl pohřben v Praze na Olšanských hřbitovech. Jeho tragická smrt lidi šokovala, zároveň se však pro ně stala impulsem k jednomu z posledních masových vyjádření nesouhlasu s okupací "spojeneckými" vojsky. Jeho pohřeb se tak proměnil v masovou manifestaci tisíců lidí za svobodu.

Tehdejší představitelé vlády a KSČ se museli jen se skřípěním zubů dívat, jak se hrob Jana Palacha stává takřka poutním místem. Státní bezpečnost proto rozhodla o přesunu jeho ostatků do Všetat. Palachovy ostatky tak byly v říjnu 1973 vyzvednuty z hrobu v Praze a zpopelněny. Každoroční pietní setkání se tak přesunula do Palachových rodných Všetat. Zpět na Olšanské hřbitovy byly ostatky převezeny v roce 1990.

"Palach nám vrátil pocit vlastní ceny," prohlásil ve čtvrtek při setkání v učebně Filozofické fakulty jako jediný řečník kněz Tomáš Halík. S Palachem sice chodil na fakultě do stejného ročníku, ale osobně jej neznal. Zavzpomínal na to, jak po mši, kterou za mrtvého spolužáka organizoval, přenášel jeho posmrtnou sádrovou masku pod zimníkem do budovy školy. "Jan Palach se upálil ve chvíli, kdy cítil, že ochabuje jednota národa a vnitřní odhodlanost," řekl Halík. Podle něj byla oběť signálem, že "existují určité hranice, za které nesmíme jít, jinak bychom tohoto člověka zradili, ale dneska musí mít protest jiný charakter".