Úřad se zakázkami začal zabývat v dubnu 2009 na základě informací z médií. Pak 24. dubna zahájil správní řízení s ministerstvem a vydal předběžné opatření zakazující uzavření smluv. Téhož dne smlouvy podepsal zastupující ekonomický náměstek ministra Petr Kušnierz, údajně dříve, než ministerstvo obdrželo rozhodnutí ÚOHS faxem.

První ze zakázek se týkala integrace webových portálů, druhá systémové centralizace v rámci ministerstva. V obou případech ministerstvo nevyhlásilo otevřené výběrové řízení a rovnou uzavřelo smlouvu s Telefónikou O2, v případě zakázky na integraci portálů pak také ještě s firmou T-Soft. Vzhledem k tomu, že ministerstvo nakonec smlouvy uzavřelo, nemohl antimonopolní úřad zakázku zrušit. Uložil tedy pokutu, za zakázku na integraci portálů milión korun, ve druhém případě pak 800 000 korun.

Zakázku by mohl zajistit i někdo jiný

Ministerstvo podle antimonopolního úřadu svůj postup odůvodnilo tím, že obě zakázky navazují na podobné zakázky z minulosti a autorská práva, která patří dříve vybrané firmě, tedy Telefónice O2. To sice ÚOHS uznal, neznamená to podle něj ale, že by zakázku nemohl zajistit někdo jiný.

Z dokumentace k zakázce podle ÚOHS nevyplynulo, že by zadavatel provedl jakékoliv šetření mezi dodavateli o možnosti realizace zakázky. Podmínky pro to, aby ministerstvo použilo neveřejný postup, tak podle Rafaje nebyly splněny. Zákon o veřejných zakázkách umožňuje řízení bez uveřejnění v případě, že požadovaný produkt je schopen poskytnout pouze jediný dodavatel. Ministerstvo v rozkladovém řízení podle Rafaje nepředložilo v tomto smyslu žádné nové důkazy.

Pokuta 1,8 miliónu korun pro ministerstvo zemědělství je dosud nejvyšší pravomocně uloženou sankcí pro některé z ministerstev. Vůbec nejvyšší pokuta za chyby ve veřejných zakázkách byla uložena v roce 2007 státnímu podniku v likvidaci Moravské naftové doly a činila pět miliónů korun. Nepravomocně bylo sankcionováno město Zlín částkou tři milióny.