Mlynář stanul před soudy kvůli údajnému zneužívání pravomoci v obchodním styku. Podle definitivních rozsudků se ale žádného trestného činu nedopustil.

"Po těch čtyřech letech, kdy jsem byl vláčen v různých novinách a kdy o mně byly šířeny různé nepravdivé informace, tak je to samozřejmě zadostiučinění, ale samozřejmě ty čtyři a půl roku mi nikdo nevrátí," řekl Mlynář. Exministr nepožaduje odškodnění, které by v jeho případě mohlo dosáhnout výše několika miliónů korun.

Podle obžaloby se Mlynář s exředitelem České televize a šéfem Testcom servisu Dušanem Chmelíčkem a jeho spolupracovníkem Vítem Novotným dopustili zneužití pravomoci veřejného činitele a zneužití informací v obchodním styku.

Městský soud v Praze Mlynáře původně poslal na 5,5 roku do vězení. Podle rozsudku muži uzavřeli s firmou Testcom servis, která měla provozovat internetový portál veřejné správy, nevýhodnou smlouvu a převedli na ni 7,5 miliónu korun z rezervního fondu příspěvkové organizace ministerstva informatiky Testcom. Vrchní soud a následně i Nejvyšší soud ale Mlynáře obžaloby zprostily.