Horákovu volbu do čela ČSSD po pádu socialistického režimu poznamenaly spory v exilové sociální demokracii, která se s Horákovou skupinou v roce 1983 rozešla a která podporovala bývalého disidenta Rudolfa Battěka.

Oba politici se lišili v představě o budoucnosti strany. Zatímco Horák připravoval samostatnou volební strategii, Battěk chtěl ČSSD v prvních svobodných volbách začlenit do struktury tehdy dominantního Občanského fóra. Nakonec zvítězila Horákova linie, ale ve volbách v červnu 1990 ČSSD propadla a zůstala mimo parlament.

Rozkol mezi exilem a Horákem se dále prohluboval a vyvrcholil v roce 1991, kdy exilová sociální demokracie přerušila kontakty se svou následovnicí. V červnu 1992 se ještě pod Horákovým vedením stala ČSSD parlamentní stranou, její reálný politický vliv byl však minimální. Horákova vstřícná politika k vládní pravicové koalici nezískala větší ohlas veřejnosti a navíc oslabila i jeho pozici ve straně.

Horák se v 1993 vrátil do USA, neboť se v ČR cítil politicky diskriminován. Za diskriminaci Horák tehdy označil skutečnost, že majitel domu v Praze zamítl kvůli Horákově politické orientaci svému nájemníkovi, aby si s Horákem vyměnil byt. Ani po návratu do USA se nepřestal o dění v sociální demokracii zajímat a ve svých komentářích zaujímal spíše kritický vztah k politickému stylu svého nástupce Zemana.

V roce 1996 dokonce Ústřední výkonný výbor ČSSD přijal usnesení, ve kterém nepřímo vyzval Horáka k vystoupení z ČSSD, neboť "poškodil sociální demokracii."