Historici se shodují, že tento čin nebyl zbytečný, protože například jeho pohřeb 25. ledna 1969 na Olšanských hřbitovech v Praze se stal celonárodní manifestací proti sovětské okupaci a v jeho stopách šli další. Měsíc po Palachovi se tehdy upálil Jan Zajíc.

Národní uvědomění se posilovalo i v následujících letech a vyvrcholilo v roce 1989 při Palachovu týdnu, kdy začaly protesty mladých lidí, kteří chtěli prosadit větší svobodu a respektování občanských práv.

Vzpomínkové akce se konaly i na některých dalších místech republiky, například v Brně. Při násilných zákrocích zranila policie stovky lidí a na 1400 jich zatkla. Za účast na manifestaci na Václavském náměstí byli tehdy zatčeni mimo jiné Alexandr Vondra a Václav Havel.

Státní bezpečnost Palachovy ostatky exhumovala

Vondra dostal podmínku dva měsíce a pokutu dvou a půl tisíce korun za to, že k soše sv. Václava položil květiny. Havel byl odsouzen na devět měsíců vězení, z čehož si odseděl čtyři. Lidé i přesto v den smrti Jana Palacha putovali v roce 1989 k jeho hrobu v rodných Všetatech. Sem byly jeho ostatky v roce 1973 na příkaz Státní bezpečnosti přemístěny z Olšanských hřbitovů.

Policie v roce 1989 oblast neprodyšně uzavřela a příchozí odvážela v antonech do opuštěných oblastí, kde je vysazovala. Jedním z těch, kterým se nepozorovaně podařilo proniknout až k Palachovu hrobu, byl Stanislav Devátý. Ten tam zanechal trnovou korunu. Později byl odsouzen za pobuřování, ale trest nenaplnil a uprchl do sousedního Polska.

Řád Tomáše Garrigua Masaryka I. třídy za vynikající zásluhy o demokracii a lidská práva  byl Janu Palachovi in memoriam propůjčen 28. října 1991.

Státníci si v úterý podvečer pietním aktem na Olšanských hřbitovech připomenou obět mladého studenta. Asi sto třicet lidí zavzpomínalo na Jana Palacha již v sobotu v Všetatech.