Hygienici však varují před koupáním v nádržích v Hnačově na Klatovsku, ve Vřesníku a Sedlici na Pelhřimovsku či v Brušperku na Frýdecko-Místecku, kde je voda znečištěná a ke koupání nevhodná. Nově nevyhovují na Liberecku Horky ve Stráži pod Ralskem a Žandov na Českolipsku. Podle hygieniků tam byl zaznamenán "zvýšený výskyt indikátorů fekálního znečištění". Nevhodné ke koupání je také koupaliště v Chrastavě u Liberce.

Dobrou kvalitu vody hlásí všechna pražská přírodní koupaliště. Letos je však uzavřeno koupaliště ve Lhotce, protože majitel pozemku neprodloužil provozovateli areálu smlouvu.

Ve středních Čechách je jen na Komárovském rybníku na Mladoboleslavsku a v Podskalí na Příbramsku voda mírně zakalená fytoplanktonem, ale bez rizika. Po krátkém znečištění je nyní vhodná ke koupání také voda v Županovicích na přehradě Slapy.

Naproti tomu na jihu Čech je bez větších zdravotních rizik koupání možné pouze ve Staňkovském rybníku a Hejtmanu v Chlumu u Třeboně. V Radavě u Orlíku a Lipně nad Vltavou, Černé v Pošumaví a Horní Plané u Lipna je riziko zdravotních problémů zvýšené, v Podolsku a Vojníkově u Orlíku je voda dokonce ke koupání podle hygieniků nevhodná.

V sousedním Plzeňském kraji zůstává bez sinic největší vodní nádrž Hracholusky či Velký Bolevecký rybník v Plzni i další menší bolevecké rybníky. V několika přírodních koupalištích se ovšem jakost vody zhoršila, vodu nevhodnou ke koupání má Hnačov na Klatovsku.

V Karlovarském kraji je mírně zhoršená kvalita vody v Podhoří. Přehrada Skalka u Chebu dříve zarůstala sinicemi, ale po loňském vypuštění má vodu dobrou, jen s mírně zhoršenými vlastnostmi.

V Ústeckém kraji jsou sinice ve Varvažově u Ústí nad Labem, ale koupání to nebrání. Ostatní koupaliště jsou v pořádku. V Libereckém kraji je voda nevhodná ke koupání v Horkách ve Stráži pod Ralskem, Žandově na Českolipsku a Chrastavě u Liberce. V Máchově jezeře není koupání vhodné pro citlivější jedince. U ostatních koupališť v kraji je stav vody dobrý.

V Královéhradeckém kraji je voda dobrá u Stříbrného rybníka u Hradce Králové, v Chlumci nad Cidlinou, Třebechovicích, Miletíně, Jaroměři, Dvoře Králové nad Labem, Dolní Kalné a v Trutnově. Rovněž v Pardubickém kraji je voda v přírodních koupalištích čistá.

Na Vysočině je kvůli velkému množství sinic voda nebezpečná v nádrži Sedlice na Pelhřimovsku. Nevhodná ke koupání je na Pelhřimovsku také voda v rybníku Vřesník. Čistou vodu zatím lidem mohou nabídnout Břevnická nádrž, koupaliště Kožlí na Havlíčkobrodsku, rybníky Sykovec a Velké Dářko a Pilská nádrž na Žďársku či vodní nádrž Trnávka.

Kvalitní je také voda v jezerech Poděbrady v Olomouci, dobré podmínky k rekreaci jsou i v přehradách a rybnících na jižní Moravě. Na severu Moravy hygienici nedoporučují koupání v nádrži Brušperk na Frýdecko-Místecku.