Příčinou smrti byly srdeční potíže. Schäferův stav se v pátek značně zhoršil. Smrt nastala v sobotu po 13:00 SELČ, oznámila chilská vězeňská správa.

Schäfer byl odsouzen za 25 případů zneužívání dětí a v dalším procesu byl uznán vinným z nezákonného skladování zbraní, z vraždy a ze zmizení jednoho levicového odpůrce diktátorského režimu generála Augusta Pinocheta.

Dějištěm zločinů byla Colonia Dignidad. Tu založil počátkem 60. let, izoloval ji od světa a podle pozdějších zjištění v ní vládl diktátorským způsobem. Zprávy o poměrech v ní začaly prosakovat v 60. letech, ale Pinochetův nástup k moci v roce 1973 zajistil Schäferovi klid. On zase umožňoval Pinochetově tajné policii využívat osadu k věznění a mučení jeho odpůrců. Na území kolonie byl objeven hromadný hrob obětí.

V roce 1997 Schäfer uprchl za hranice, ale v roce 2005 ho Argentina do Chile vydala.

Colonia Dignidad, ke které patří asi 13 000 hektarů půdy, ztratila krátce po pádu Pinochetova režimu svůj právní status praktické exteritoriality a daňových privilegií a přejmenovala se na Villa Baviera (Bavorské město). Její obyvatelé, vesměs již nová generace, se Schäfera zřekli.