Starodávné a zapomenuté úložiště ostatků ze 17. a 18. století bylo objeveno při opravách Jakubského náměstí v roce 2001. Rekonstrukce tohoto funerálního unikátu finančně podpořená z fondů Evropské unie začala loni v dubnu.

V kostnici bylo ve dvou pohřebních komorách nalezeno přes 50 tisíc lidských koster, což ji řadí na druhé místo v Evropě, hned za pařížské katakomby.

Kostnice pečlivým archeologům odhalila nečekaná tajemství v podobě nálezu 24 raně barokních převážně polychromovaných rakví a stěny s unikátním uspořádáním lidských kostí v tzv. třetí komoře, která je součástí zádušní kaple. Z toho důvodu se také protáhly rekonstrukční práce až do letošního dubna a náklady na ně se zvýšily o zhruba 2 miliony na 33 milionů korun.

Stěna z kostí zůstane po dohodě s památkáři nedotčena a skryta za ochranným sklem a třetí pohřební komora umístěná za ní tak nebude zatím probádána. Části čtyř rakví společně s drobnostmi, které v nich byly nalezeny, se stanou součástí expozice stejně jako náhrobní kameny z původního svatojakubského hřbitova.

Rekonstrukce také zahrnovala vybudování nového vchodu z Jakubského náměstí se vstupní halou vybavenou i provozním a technickým zařízením včetně WC a místnosti pro prodej vstupenek.

Turistické informační centrum města Brna, které podzemí provozuje, chce prohlídky kostnice uzpůsobit tak, aby nenarušovaly pietu. V provozní době, od úterý do neděle od 9.30 do 18 hodin, se sem tedy dostanou vždy jen početně omezené skupiny na maximálně 25 minut. Návštěva kostnice je zařazena také do nové funerální turistické trasy městem.