Němec patřil v 60. letech k významným představitelům tzv. české nové vlny. režíroval filmy jako Démanty noci, O slavnosti a hostech, Mučedníci lásky.

Po roce 1968 měl zákaz točit, v 70. letech byl donucen k emigraci. Žil ve Francii či Německu, ale také v USA. V roce 1969 byl vyhlášen nejlepším světovým režisérem toho roku.

Po roce 1989 se vrátil a začal opět točit. Učil také režii na FAMU.

V roce 2002 dostal od Václava Havla Medaili Za zásluhy. Tu se však v roce 2014 rozhodl vrátit na protest proti tomu, koho vybral ten rok k ocenění prezident Miloš Zeman.

Němec byl čtyřikrát ženatý, jeho manželkami byly například výtvarnice Ester Krumbachová nebo zpěvačka Marta Kubišová.