Skleník ve tvaru protáhlého písmene S je zapuštěn do prudkého svahu nad Vltavou. Délkou 130 metrů kopíruje vrstevnici, šířka je 17 metrů  a po celé délce se nemění. Vnitřní terén tvoří hlavně přírodní skála. Roste zde kolem 5 000 druhů rostlin.

Vnitřní prostor je rozdělen na tři části s odlišným klimatem. První část je polopouštní, druhá - největší - představuje nížinný tropický deštný prales a třetí je speciálně chlazená. Zde jsou k vidění ukázky rostlinného života vysokých tropických hor. Vše je členěné i geograficky podle kontinentů.

Skleník začala budovat botanická zahrada v roce 1996. Jeho výstavba se však více než 10krát prodražila a celková suma dosáhla téměř 200 miliónů korun.

Další fotografie ze skleníku Fata Morgana najdete ve fotogalerii.