Ve „starém“ zákoně o správě daní a poplatků byla lhůta pro vyměření daně stanovena na tři roky od konce zdaňovacího období, ve kterém vznikla daňová povinnost. V praxi ale docházelo k tomu, že lhůta pro vyměření daně v případě povinnosti podat daňové přiznání byla de facto roky čtyři.

Docházelo k nerovnoprávnému postavení různých daní. Na to reagoval Ústavní soud ČR, podle kterého má být lhůta pro vyměření daně jednotně počítána po dobu tří let od konce zdaňovacího období, ve kterém vznikla daňová povinnost.

V praxi to znamená, že lhůta pro vyměření daně za zdaňovací období, které skončilo 31. 12. 2008, uplyne 31. 12. 2011. Aby se zabránilo dalším nejasnostem při výkladu zákona a rozporu s nálezem Ústavního soudu, byla přijata od 1. 1. 2010 novela tohoto ustanovení, která již jasně definuje lhůtu pro vyměření daně.

Co říká zákon

„Pokud tento nebo zvláštní zákon nestanoví jinak, nelze daň vyměřit ani doměřit, či přiznat nárok na daňový odpočet po uplynutí tří let od konce zdaňovacího období, v němž vznikla daňová povinnost, nebo do tří let od vzniku daňové povinnosti u těch daní, které nemají zdaňovací období,“ konstatuje nově zákon.

Zákon o správě daní a poplatků rovněž určil, kdy lze tříletou lhůtu prodloužit a jaká je maximální doba, ve které lze daň vyměřit.

Byl-li před uplynutím tříleté lhůty pro vyměření daně učiněn úkon směřující k vyměření daně nebo jejímu dodatečnému stanovení, běží tříletá lhůta znovu od konce roku, v němž byl daňový subjekt o tomto úkonu zpraven.

Maximální lhůta: 10 let

„Vyměřit a doměřit daň lze nejpozději do deseti let od konce zdaňovacího období, v němž vznikla povinnost podat daňové přiznání nebo hlášení, nebo v němž vznikla daňová povinnost, aniž by zde byla současně povinnost daňové přiznání nebo hlášení podat,“ upozornila Helena Zemanová, daňový poradce ze společnosti APOGEO.

Právo vybrat a vymáhat daňový nedoplatek se promlčuje po šesti letech po roce, ve kterém se stal daňový nedoplatek splatným.

Maximální lhůta pro placení daně je stanovena na 20 let od konce roku, ve kterém se stal nedoplatek splatným (30 let v případě zástavního práva k nemovitostem).

Důvodem pro prodloužení původní šestileté lhůty může být například výzva správce daně k úhradě nebo daňová exekuce, od jejichž vydání běží šestiletá lhůta znovu.

„Sestavení daňového řádu bylo silně ovlivněno dosavadní judikaturou, tedy již uzavřenými případy, a proto se v daňovém řádu objevuje řada zpřesnění a doplnění, týkajících se právě lhůt pro stanovení daně i její placení,“ upřesnila Zemanová.

Kdy se lhůta pro stanovení daně prodlužuje
Daňový řád přesně vyjmenovává úkony, které mohou lhůtu pro stanovení daně prodloužit. Základní lhůta pro stanovení daně se prodlužuje o jeden rok, pokud v posledních 12 měsících před uplynutím dosavadní lhůty došlo k:
a) podání dodatečného daňového tvrzení nebo oznámení výzvy k podání dodatečného daňového tvrzení, pokud tato výzva vedla k doměření daně;
b) oznámení rozhodnutí o stanovení daně;
c) zahájení řízení o mimořádném opravném nebo dozorčím prostředku;
d) oznámení rozhodnutí ve věci opravného nebo dozorčího prostředku;
e) oznámení rozhodnutí o prohlášení nicotnosti rozhodnutí o stanovení daně.

Nově je v daňovém řádu upraven i případ, kdy se lhůta pro stanovení daně počítá znovu od svého počátku. K tomu může dojít v případě, kdy před uplynutím lhůty pro stanovení daně byla zahájena daňová kontrola, bylo podáno řádné daňové tvrzení nebo oznámena výzva k podání řádného daňového tvrzení.

V této situaci začíná běžet nová tříletá lhůta ode dne, kdy byl příslušný úkon učiněn. Tímto prvním dnem nového začátku lhůty tedy může být den, kdy byla zahájena daňová kontrola nebo kdy bylo podáno řádné daňové přiznání (např. v případě, že nebylo podáno v řádné lhůtě).

Výzvy daňových kontrol

Zákon také dává správci daně možnost zaslat daňovým subjektům, které nekomunikují a neumožní tak zahájení daňové kontroly běžným způsobem, výzvu. V této výzvě správce daně určí místo zahájení daňové kontroly, předmět daňové kontroly a lhůtu, ve které je daňový subjekt povinen sdělit správci daně den a hodinu v rámci pracovní doby správce daně, kdy bude připraven k zahájení daňové kontroly.

Tato lhůta je 15 dní a nelze ji prodloužit.

V odpovědi na výzvu přitom musí daňový subjekt nejen navrhnout den zahájení daňové kontroly, který musí nastat nejpozději 15 den od uplynutí lhůty pro odpověď na výzvu, ale musí jej sdělit správci daně nejméně tři pracovní dny před navrhovaným termínem zahájení kontroly.

Spočítají to podle pomůcek

„Pokud daňový subjekt ve stanovené lhůtě neodpoví na výzvu řádně (tj. bez uvedení závažných důvodů, případně nesplní-li formální požadavky této výzvy), a tím neumožní ve sděleném termínu zahájit daňovou kontrolu, může správce daně bez provedení daňové kontroly stanovit daň podle pomůcek,“ připomněla Zemanová z APOGEO.

To znamená, že se finanční úřad podívá na vám podobné daňové subjekty, a třeba podle oboru podnikání a velikosti odhadne, jaký jste měli obrat, a kolik jste zhruba stát pokrátili na daních - a doměří vám je.

Uplynutí lhůty pro odpověď na tuto výzvu znamená automaticky nové zahájení běhu prekluzivní lhůty pro vyměření daně bez ohledu na to, zda byla daňová kontrola skutečně zahájena.